攝取發酵食物和飲品要適量。切記，發酵飲食效果強大且風味濃郁，要少量多餐，不要一次大量攝取。有研究指出，含鹽的食物（包括發酵食物）攝取過多會導致多重問題。
細菌是人類的祖先，也是所有生命的起源。細菌為人類執行許多重要的生理功能，還替人改善、保存、保護食物，這一切都和「細菌與人為敵」這個常見的想法差距極大。由於生物學上最早的成就在於能夠辨別細菌病原體，並研發出能有效與之對抗的武器，我們的文化自此展開一項任務，我稱之為「抗菌之戰」。
人們說「反恐戰爭」已經說了十年，在那之前大家談的則是「毒品戰爭」。雖然很少有人說「抗菌戰爭」之類的詞彙，但這其實比前述兩者的歷史還要久遠，而且歷經數個世代，這樣的觀念已經深植人心。除了服用抗生素藥物，有時還會為了某些重要原因而定期餵牲畜吃抗生素、以化學藥劑消毒用水，並使用標榜可殺死99.9%細菌的抗菌肥皂（但上述幾件事通常下手都太重）。
問題是，殺死的99.9%細菌大多是可以保護人體的細菌，只有少數細菌才會致病。不斷濫殺周身的細菌，會使人更容易受感染，而不是變得更強壯。因為細菌具有基因易變性，病原細菌可以迅速發展出抗體去對抗普遍使用的抗生素藥物。美國醫學會就點明：「原料如經證實會使細菌產生抗藥性，即不應繼續用在民生用品中。」不斷全面攻擊細菌，加上意識形態的火上加油，不但是誤導而且還十分危險。馬古利斯就說：「有些人對細菌恨之入骨，想要趕盡殺絕，其實就是一心想自我毀滅。」
抗菌戰爭的結果是人體細菌的環境快速改變。過去人體胃裡普遍存在著一種細菌「幽門螺旋桿菌」（Helicobacter pylori），現在卻發現只有不到10%的美國孩童體內有這種細菌，該菌甚至有可能就此絕跡。幽門螺旋桿菌同人類相依相存至少已有六萬年之久，並且有證據證實，從一億五千萬年前哺乳類動物的胃裡就有血緣相近的細菌。
人們都喜歡將細菌分為「好菌」和「壞菌」。談到幽門螺旋桿菌，大家就想到胃潰瘍和胃癌等健康問題，而隨著這類細菌在人體中日漸絕跡，這類的健康問題也跟著減少。但即使幽門螺旋桿菌造成許多健康問題，仍是人體的一部分，人類也仰賴與之共同演化以獲得某些調節機能。科學家認為，這種特殊的細菌可以（或者該說「以前可以」）幫助人體調節胃酸酸度、某些免疫反應及控制食欲的賀爾蒙。
幽門螺旋桿菌消失，則代表肥胖、氣喘、胃酸逆流和食道癌發生的機率增加。流行病學家麥（Volker Mai）警告：「將共生的細菌分為『害菌』或『益菌』，準確性相當可疑，因為這種分類只看特定幾種影響對人體健康的層面，而不管菌相與整體健康的關聯。」
身兼微生物學家和醫生二職的布拉斯（Martin Blaser）認為：「近來人體健康和疾病出現了一些新的模式，人體內生微生物菌相有所改變是部分原因。」他也建議：「也許可以將幽門螺旋桿菌視為能顯示『指標生物』，用來檢視人體微生物生態和疾病風險是否改變。」人類對自己共同演化的夥伴趕盡殺絕，可能要付出很大的代價。
自然發酵與培酵
以德國酸菜來說，我們用來發酵的細菌原本都存在於甘藍菜和所有生鮮蔬菜上。藉由食物或環境中自然存在的生物來發酵即為「自然發酵」（我前一本關於發酵的書就以此為書名）。另外一種方法則截然不同，是把單一菌種分離出來或刻意培養某種菌相，然後再引入基質內，以引發發酵作用，這種方式稱為「培酵」。培酵所用的菌種，多半只是取少量發酵中或已發酵的發酵物，再將之放入合適的營養物質（也就是基質）中，優格和天然酵母麵包就是用此法製成。談發酵法的文獻把這個方法稱為「接種發酵」（backslopping），所有引入的菌種都會自行發酵，特別受大家喜愛。日子久了，人類觀察到要成功發酵需要哪些條件，再根據觀察不斷改進技術。
某些發酵菌種已經演化為獨特的生物型態，可以用整體菌落的形式繁殖，克菲爾就是最佳的例子。克菲爾「顆粒」或克菲爾「凝乳」具彈性、呈團狀，是由約30 種不同細菌和真菌組成的多醣體。這些生物會彼此協調、輪流繁殖，織出共用的表層。雖然這種菌種是人類在日常生活中運用牛奶培育出來的，但我們也不可能憑空製造出克菲爾顆粒來。克菲爾以營養的牛奶為介質來繁殖，然後克菲爾又生出克菲爾。此類的菌種已經演變成穩定的生物體，又稱為細菌和酵母的共生體，簡稱為SCOBY（symbiotic community of bacteria and yeast）。康普茶的菌母（又叫紅茶菌，有時會被誤認為蕈菇）是SCOBY的另一個例子。
要讓菌種持續作用，就要定期提供營養。優格和克菲爾需要牛奶，酸酵的酵種需要麵粉等穀物，康普茶則需要甜茶。許多菌種都是古老菌種的後裔，自古由人類照顧、定期補充養分，與人類共同演化，就這樣持續了無數個世代。菌種需要定期補充養分，雖然偶爾疏忽不會有事，但是菌種是很脆弱的，養分不足還是會死掉。霍普金斯（Elizabeth Hopkins）說過：「我有一度甚至覺得我的發酵物是我養的寵物，我的生活也繞著這些發酵物團團轉。」她曾同時養了8種「廚房寵物」，後來才明白養得少才能養得好，於是減少種類。製作發酵食物不代表樣樣都得自己來，找到你的強項，並跟其他有志於恢復傳統發酵技藝的人一同分享、交換和製作。
【發酵食物保健益處的常見問題】
活酵食物如何影響消化？
首先，發酵食物多少都經過預消化，因此整體而言能讓營養物質更好吸收。從活酵食物中可以攝取到多種細菌，幫助消化食物，並在食物通過腸道時產生各種具保護功能的化合物。這些細菌及各種製品能豐富腸道生態，幫助消化吸收，而且可以排擠病菌。許多人發現，飲食中加入活菌食物後，消化就改善了。我也聽說許多人在定期攝取活菌後改善了便秘、腹瀉甚至更嚴重的消化道慢性疾病。整體看來，含有活性乳酸菌的食物有助於改善幾乎所有人的消化問題，而且沒有安全疑慮，也不需要大筆開銷。某些情況下，這些食物可能（只是可能）可以幫助改善甚至解決各種急慢性健康問題。話雖如此，每個人的反應都不盡相同，不過一次一點慢慢攝取新種類的食物總是好事，含有活菌的食物尤佳。
發酵與人類免疫不全病毒
我經常在著作和公開演講中提及我是身上有免疫不全病毒。寫作本書時，正好是我1991 年第一次測出HIV 陽性反應後的20 週年。我很高興我能活到現在，也無法忘記不如我幸運的。我在前作《自然發酵：風味、營養及現存的發酵手藝》（Wild Fermentation: The Flavor, Nutrition,and Craft of Live-Culture Food）的封底寫道：「發酵食物一直是我康復的重要因素。」許多人因此推測發酵食物是HIV 的「療法」。雖然我希望這是真的，可惜事實並非如此。
1991年我的健康出問題以來，就一直在服用抗反轉錄病毒和蛋白酶抑製劑等藥物。服用這些藥物並不代表養分、消化或整體免疫功能就不再重要或不那麼重要，事實上，許多人的消化系統特別受到攻擊。
活菌食物幫助我維持消化健康，我也從自己的研究中得知食物裡的活菌可以刺激免疫各方面的功能。過去甚至有些研究探討益生菌是否有助於增加CD4 細胞的數量。HIV 感染患者的免疫功能多半會隨著時間下降，而CD4 細胞則是免疫功能的指標。我認為活菌食物基本上可以改善所有人的健康，但我仍要強調，幫助維持整體健康並不等同於治癒某種疾病。
為了避免念珠菌過度增生，是不是就什麼發酵食物都不能吃？
「白色念珠菌」（CANDIDA ALBICANS）是一種真菌（酵母），成人體內菌相中通常都有。富含碳水化合物的飲食會導致白色念珠菌增生，使其勢力越來越強大。要對抗白色念珠菌，最重要的是控制富含碳水化合物的食物攝取量，不只要少吃糖、穀物、水果和馬鈴薯，以這些原料製成的部分發酵物如麵包、酒精飲品、醋甚至可能連康普茶也得少吃少喝。彌補的辦法是，攝取由蔬菜、乳品，甚至豆類和肉類製成的活菌發酵物。這些發酵物中含有乳酸菌，能幫助白色念珠菌回復良性狀態。
吃太多發酵食物好嗎？
攝取發酵食物和飲品要適量。切記，發酵飲食效果強大且風味濃郁，要少量多餐，不要一次大量攝取。有研究指出，含鹽的食物（包括發酵食物）攝取過多會導致多重問題。發酵物並不一定要含鹽，也不見得要大量攝取。亞洲有些研究顯示，大量食用醃製蔬菜與食道癌、鼻咽癌等癌症相關，不過也有研究發現，食用新鮮蔬果會降低這些癌症的發生率。再次重申，務必將適度攝取和多元攝取奉為飲食圭臬。最後提醒一句，常吃高酸性的食物會腐蝕牙齒琺瑯質，所以吃完要刷牙漱口！
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